Biyolojik silahların kullanımı binlerce yıldır bilinmekle birlikte, modern biyolojik silahların geliştirilmesi ve kullanımı 20. yüzyılın ortalarına dayanmaktadır. İlk modern biyolojik silah geliştirme çalışmaları ise, II. Dünya Savaşı sırasında Nazi Almanyası, Japonya ve Birleşik Devletler tarafından yapıldı.
Nazi Almanyası, 1930’larda biyolojik silah geliştirme çalışmalarına başladı. Birleşik Devletler de aynı dönemde biyolojik silah programlarına başladı. Bu çalışmalar, özellikle II. Dünya Savaşı sırasında kullanılan kimyasal silahların yıkıcı etkilerinin görülmesi üzerine hız kazandı.
Japonya ise 1930’larda, Mançurya’da biyolojik silah geliştirme programları yürüttü. Bu programlar kapsamında, Japon birlikleri, Çinli sivillere karşı biyolojik silahlar kullanarak on binlerce kişinin ölümüne neden oldu.
II. Dünya Savaşı’nın ardından, biyolojik silahların kullanımı uluslararası toplum tarafından yasaklandı. Ancak, Soğuk Savaş döneminde, birçok ülke biyolojik silah programlarını sürdürdü. Bu programlar, 1972 tarihli Biyolojik Silahlar Sözleşmesi ile yasaklandı. Ancak, bazı ülkelerin halen biyolojik silah programları olduğuna dair spekülasyonlar bulunmaktadır.