Moleküler yapıları saklayan 3D Protein Veri Bankası (PDB) dosyaları mevcuttur. Eğer böyle dosyaları nasıl açabileceğinizi merak ediyorsanız, bu yazı sizin için ilginç olabilir. Burada, PDB dosyaları hakkında detaylı bilgi vereceğiz ve Windows 11/10’da bu dosyaları nasıl görüntüleyebileceğinizi tartışacağız. O halde, lafı fazla uzatmadan inceleyelim!
Kısaca Protein Veri Bankası (PDB) dosyası nedir?
Protein Veri Bankası (PDB), proteinlerin, nükleik asitlerin ve diğer büyük moleküllerin 3D yapısal verilerinin yer aldığı bir veritabanıdır. PDB dosya uzantılı bir dosya temel olarak, 3D biyolojik molekülün yapısıyla ilgili veriler içeren bir dosyadır. Veriler, atom koordinatları, atom yapıları, atom bağlantıları, protein yapıları, nükleik asit yapıları ve daha fazlasını içerir. Ayrıca, deneysel verileri de içerir.
Bu dosya formatı, protein koordinatlarını değiştirmek için Biyoinformatik’te yaygın olarak kullanılmaktadır. Protein yapısını tanımlayan binlerce satır içerir. PDB dosyalarını Windows PC’de okumak veya görüntülemek istiyorsanız, bunu yapmak için yerel bir uygulama olmadığından, özel bir üçüncü taraf aracı kullanmanız gerekir. Bu yazıda, Windows 11/10’da bir PDB dosyasını görüntülemek için farklı yöntemleri tartışacağız.
Windows 11’de Protein Veri Bankası (PDB) dosyası nasıl görüntülenir?
Windows 11/10’da bir Protein Veri Bankası (PDB) dosyasını görüntülemek için iki yöntem vardır:
- PDB dosyalarını görüntülemek için ücretsiz yazılım kullanın.
- PDB dosyalarını okumak için ücretsiz bir çevrimiçi araç deneyin.
1- PDB dosyalarını görüntülemek için ücretsiz yazılım kullanın
Windows için üçüncü taraf bir yazılım kullanarak PDB dosyalarını açıp görüntüleyebilirsiniz. Deneyebileceğiniz birkaç ücretsiz masaüstü uygulaması mevcuttur. İşte kullanabileceğiniz bazı iyi uygulamalar:
- IQmol
- Swiss-PdbViewer
- CueMol
- Molekel
- RasMol
IQmol
Windows 11/10 için ücretsiz ve açık kaynaklı bir moleküler düzenleyici ve görselleştirme yazılımı olan IQmol, PDB dosyalarını ve diğer 3D molekül dosyalarını görüntülemenizi sağlar. IQmol yazılımında, temel ve ileri seviyede tüm önemli molekül görüntüleme araçlarını bulabilirsiniz. PDB dosyasını görüntülemenin yanı sıra, moleküler yapıyı düzenleme imkanı da sunar.
Birden fazla PDB dosyasını aynı anda açabilir ve hepsini aynı anda görüntüleyebilirsiniz. Model Görünüm panelinden, bir veya daha fazla PDB dosyasının görüntüsünü etkinleştirebilir veya devre dışı bırakabilirsiniz.
IQmol’un Başlıca Özellikleri:
Bu ücretsiz ve açık kaynaklı PDB dosyası görüntüleyicisinin özellikleri şunları içerir:
- Yakınlaştırma, uzaklaştırma (fare tekerleği kullanarak), hareket ettirme, tam ekran görünümü, varsayılan görünümü sıfırlama, eksene bakma vb. gibi tüm standart dosya görüntüleme araçlarını bulabilirsiniz.
- Shader, ambient, diffuse, fog strength, highlights, noise intensity, POV-Ray options vb. gibi ayarları düzenleyerek modelin görünümünü özelleştirebilirsiniz.
- Atom ağırlığı, kısmi yük, NMR, spin yoğunluğu vb. gibi atom etiketleri ekleyebilirsiniz.
- Kamera ayarlarını özelleştirebilirsiniz. Kamera projeksiyonu, pozisyonu vb. özellikleri ayarlayabilirsiniz.
- Otomatik Döndürme özelliği, moleküler modelin otomatik olarak dönmesine izin verir.
- Şu anda görüntülenen protein yapısının PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS vb. gibi bir görüntü formatında kaydedebilirsiniz.
- Kaydetme işlevi kullanarak PDB’yi XYZ, MOL, MOL2, CML vb. diğer molekül dosyalarına dönüştürebilirsiniz.
- Moleküler yapı enerjisi, kuvvetleri, PES taraması, geçiş durumu, kimyasal kaymalar, geometri, enerji ayrıştırması, BSSE düzeltmesi vb. hesaplama özelliklerini kullanabilirsiniz.
- Görüntüleme özelliklerinin yanı sıra, bir set molekül inşa özellikleri olan özel Birleştir menüsüne sahipsiniz. Bu özellikler arasında yeni atomlar ekleme, yeni bir molekül ekleme, yapıyı minimize etme, izotopları ayarlama vb. özellikler yer almaktadır.
- PC’nizde Protein Data Bank dosyalarını açıp görüntüleyebilirsiniz.
IQmol indirmek için tıklayınız
2] PDB dosyalarını okumak için ücretsiz bir çevrimiçi araç deneyin
Moleküler yapıların görselleştirilmesi ve analizi için kullanabileceğiniz ücretsiz bir çevrimiçi araç olan RCSB, PDB, PDB dosyalarını içe aktarmanıza ve ardından onların moleküler yapılarını görüntülemenize ve analiz etmenize olanak tanır.
Yakınlaştırma, döndürme, Genişletilmiş Port Görünümünü Değiştirme, Kamera Sıfırlama, Seçim Modunu Açma/Kapatma vb. gibi temel görselleştirme işlevlerini bulabilirsiniz. Ayrıca, kamera modu (perspektif veya ortografik), arka plan rengi, gizlilik etkinleştirme/devre dışı bırakma, sis etkinleştirme/devre dışı bırakma, kırpma, düzen vb. gibi bazı ayarları yapılandırabilir veya kontrol edebilirsiniz.
Otomatik döndürme işlevi olan “Animate” ile protein yapısını otomatik olarak döndürebilirsiniz. Bu sırada dönüş hızı ve açısını özelleştirebilirsiniz. Ayrıca, “Measurement” adlı özel bir aracı bulunmaktadır. Bu araçla mesafe, yönlendirme, açı vb. gibi birçok değeri bulabilirsiniz.
Bu özelliklere ek olarak, “Structure Motif Search”, “Add Components”, “Export Animations”, “Export Geometry (STL, OBJ, vb.)” ve “Export Model” gibi daha da kullanışlı araçlar da mevcuttur.
Tüm olarak, harika bir görselleştirme araçları setine sahip olan ücretsiz bir çevrimiçi PDB görüntüleyicisidir. Buradan deneyebilirsiniz.
RCSB sitesini ziyaret etmek için tıklayınız